Dopo la formazione di altri gruppi, fra i quali i Boss Hog insieme alla moglie Cristina Martinez, dà vita a quella che sarà negli anni a venire una delle band più rivoluzionarie nel panorama Rock Blues, chiamandola Jon Spencer Blues Explosion, accompagnato questa volta da Judah Bauer all'altra chitarra e Russell Simins alla batteria.

Il primo disco esce nel 1992 per l'etichetta Caroline con il titolo The Jon Spencer Blues Explosion dove riprende il discorso lasciato a metà con il suo primo gruppo, blues sanguigno, sporco, dove il confine fra musicalità e rumore si fa molto, ma molto sottile.

Nonostante il cambio di casa discografica, d'ora in poi incideranno per la Matador, il filone creativo di Jon Spencer non cambia, anche nei dischi a seguire, Extra Width (1993) e Orange (1994), ripercorre fondamentalmente la musica blues, funky prendendo a piene mani dalle loro radici, stravolgendo poi il tutto con la sua personalità sconvolgente.

Now I Got Worry esce nel 1996, la musica si fa più raffinata, pur sempre nella sregolatezza si intravedono melodie più fruibili, quasi una Rolling Stones band, solo più grezza e cattiva.

Nel 1998 esce Acme, seguito da una raccolta di inediti e out-takes dal nome Extra Acme. In questo disco il suono viene ancora più livellato, blues e funky convivono in maniera quasi rispettosa con l' hip hop, questa volta, invece della chitarra, Judah Bauer si cimenta con il basso lasciando a Jon quasi tutte le parti chitarristiche.

In questi giorni è uscito il loro ultimo lavoro, Plastic Fang, nel quale, ancora una volta rileggono la musica del Delta con la loro lucida follia.

12 canzoni dove le chitarre la fanno da padrone, dove i riff più o meno acidi hanno il controllo totale del disco, meno rumorosità rispetto a prima, ma pur sempre un disco che ha bisogno di una certa apertura mentale per essere ascoltato. Rock'n'roll, blues e funky sono termini troppo stretti per inquadrare un disco del genere, si la musica è quella ma è suonata veramente in maniera innovativa.

Forza, sangue e sudore sono le caratteristiche di Jon Spencer e compari, basta ascoltare canzoni come Sweet 'n' Sour, Tore Up & Broke, Hold On e capirete cosa voglio dire. In definitiva un gran disco, che, al pregio di innovare un tipo di musica forse troppo radicato, associa un'animalesca vena compositiva.